房地產開發納稅人采取預收款方式銷售自行開發的房地產項目，根據相關規定要預繳增值稅和預征土地增值稅，但二者在政策和操作上存在較多差異。

預售時的差異

首先是預繳（征）計稅依據的差異。增值稅預繳方面，根據《房地產開發企業銷售自行開發的房地產項目增值稅征收管理暫行辦法》（國家稅務總局公告2016年第18號）規定，房地產開發納稅人采取預收款方式銷售自行開發的房地產項目，應在收到預收款時按照3%的預征率預繳增值稅，應預繳稅款=預收款÷（1+適用稅率或征收率）×3%，則預繳計稅依據=預收款÷（1+適用稅率或征收率）。

而根據《國家稅務總局關于營改增后土地增值稅若干征管規定的公告》（國家稅務總局公告2016年70號）規定，房地產開發企業采取預收款方式銷售自行開發的房地產項目的，可按照以下方法計算土地增值稅：土地增值稅預征的計征依據=預收款-應預繳增值稅稅款。

結合應預繳增值稅稅款的計算公式，對于簡易項目，土地增值稅預征的計征依據=預收款-應預繳增值稅稅款=預收款-預收款÷（1+5%）×3%=預收款÷（1+5%）×1.02，比預繳增值稅的預繳計稅依據比例大2%；對于一般項目，土地增值稅預征的計征依據=預收款-應預繳增值稅稅款=預收款-預收款÷（1+10%）×3%=預收款÷（1+10%）×1.07，比預繳增值稅的預繳計稅依據比例大7%。

例如，a房地產開發企業采取預收款方式銷售自行開發的房地產老項目取得了10.5億元的預收款，采用簡易計稅，此時增值稅預繳依據為10億元[10.5÷（1+5%）]，土地增值稅預征依據為10.2億元（10.5-0.3），相應預繳增值稅0.3億元（10×3%），預征土地增值稅0.306億元（10.2×3%）。

其次是預繳（征）范圍的差異。增值稅方面，只要是采取預收款方式銷售自行開發的房地產項目，均需預繳增值稅。對于土地增值稅，根據《土地增值稅暫行條例實施細則》第十六條規定，納稅人在項目全部竣工結算前轉讓房地產取得的收入，由于涉及成本確定或其他原因，而無法據以計算土地增值稅的，可以預征土地增值稅，待該項目全部竣工、辦理結算后再進行清算，多退少補，具體辦法由各地稅務部門根據當地情況制定。

最后是預繳（征）率的差異。采取預收款方式銷售自行開發的房地產項目，預繳增值稅的預繳率一律為3%。土地增值稅預征率則并不唯一，存在地區和不同類型房地產之間的差異。《國家稅務總局關于加強土地增值稅征管工作的通知》（國稅發〔2010〕53號）要求科學合理制定預征率，除保障性住房外，東部地區省份預征率不得低于2%，中部和東北地區省份不得低于1.5%，西部地區省份不得低于1%，各地要根據不同類型房地產確定適當的預征率。

交房時的差異

預繳增值稅的房地產應按適用稅率或征收率計算當期應納稅額，抵減已預繳稅款后申報納稅，此時計算當期應納稅額的計稅依據與預繳增值稅的預繳計稅依據是一致的。

如上例，在交房時增值稅應納稅額0.5億元[10.5÷（1+5%）×5%]，抵減預繳增值稅0.3億元，補繳應納稅額0.2億元（0.5-0.3），計稅依據和預繳計稅依據均為10億元。

因增值稅已經確認收入，故此時原先的預收款10.5億元中，已經含了0.5億元的增值稅。根據《財政部、國家稅務總局關于營改增后契稅房產稅土地增值稅個人所得稅計稅依據問題的通知》（財稅〔2016〕43號）及國家稅務總局2016年70號公告文件規定，營改增后，納稅人轉讓房地產的土地增值稅應稅收入不含增值稅。就上例而言，在交房時點，原土地增值稅預征依據含了0.2億元的增值稅，理應把此部分增值稅從預征依據中剔除，也就是說要對土地增值稅預征收入進行調整或進行負數申報。當然在稅務部門未對此予以明確之前，納稅人應謹慎合規操作。

清算后的差異

土地增值稅實行先預征后清算的制度，清算后預繳增值稅與預征土地增值稅的差異主要有兩方面：

第一，“多退少補”規定不同。《土地增值稅暫行條例實施細則》明確，清算后多退少補，即預征土地增值稅超過清算應納稅額的，可以退稅。對于增值稅預繳稅款，國家稅務總局公告2016年第18號僅是規定未抵減完的預繳稅款可以結轉下期繼續抵減，但沒有規定可以退稅。對于預繳（征）性質的稅款，從原理來講更多的屬于納稅人在最終應納稅額不確定的情況下考慮稅款入庫均衡預先繳納的稅款，應允許納稅人“多退”，在存在預繳（征）稅款的稅種中如土地增值稅、企業所得稅等稅種中也是采用這種“多退少補”的方式，建議稅務部門應允許納稅人“多退”。

第二，預繳（征）截止期限不同。對于增值稅，是否預繳與采取的銷售形式有關，只要采取預收款方式銷售自行開發的房地產項目，就需要預繳，與房地產是期房還是現房無關。土地增值稅清算后由于成本等已經確定，已不存在預征的基礎，所以清算后的收入一般都要求直接納稅申報，不再預征土地增值稅。